primer premier 6.0是生物科學(xué)領(lǐng)域的常用軟件之一，能夠以多種方式幫助用戶進(jìn)行基因分析，其中包括引物設(shè)計(jì)、同源性分析等等，同時(shí)操作起來也比較方便。

軟件介紹

加拿大的Premier公司開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測(cè)序引物以及雜交探針的設(shè)計(jì)和評(píng)估程序。其包含序列編輯窗口、引物設(shè)計(jì)窗口、酶切分析窗口和紋基分析窗口四個(gè)界面窗口，其分別為用戶提供引物設(shè)計(jì)、限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)分析和DNA基元查找和同源性分析功能。primer premier還可針對(duì)面板DNA的來源以相應(yīng)的遺傳密碼規(guī)則轉(zhuǎn)換DNA和氨基酸序列，它給出了八種生物亞結(jié)構(gòu)的不同遺傳密碼規(guī)則供用戶選擇，例如纖毛蟲大核、無脊椎動(dòng)物線粒體和支原體等。

激活說明

1、安裝完成之后，將crack文件夾中的“patcher.jar”復(fù)制到程序安裝目錄中：

Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600

2、按“windows+R”，輸入cmd，打開dos系統(tǒng)

3、輸入d: 回車

4、然后輸入（鼠標(biāo)右鍵粘貼，這里根據(jù)安裝的盤符以及安裝路徑進(jìn)行改變，前面的“cd”不變）

cd D:\Program Files\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600 回車

5、再輸入“java -jar patcher.jar”回車，顯示“done”則表示成功

特色說明

1、具有優(yōu)秀的引物自動(dòng)搜索功能，同時(shí)可進(jìn)行部分指標(biāo)的分析，而且容易使用，已被引物設(shè)計(jì)行業(yè)人士認(rèn)為是一款相當(dāng)不錯(cuò)的軟件。

2、主要功能分四種，即引物設(shè)計(jì)、限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能。前三種為其主要功能。此外，該軟件還有一些特殊功能，其中最重要的是設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，另外還有序列"朗讀"、DNA 與蛋白序列的互換、語音提示鍵盤輸入等等。

3、可以針對(duì)模板DNA 的來源以相應(yīng)的遺傳密碼規(guī)則轉(zhuǎn)換DNA 和氨基酸序列。軟件共給出八種生物亞結(jié)構(gòu)的不同遺傳密碼規(guī)則供用戶選擇，有纖毛蟲大核（Ciliate Macronuclear）、無脊椎動(dòng)物線粒體（Invertebrate Mitochondrion）、支原體（Mycoplasma）、植物線粒體（Plant Mitochondrion）、原生動(dòng)物線粒體（Protozoan Mitochondrion）、一般標(biāo)準(zhǔn)（Standard）、脊椎動(dòng)物線粒體（Vertebrate Mito-chondrion）和酵母線粒體（Yeast Mitochondrion）。

如何使用

1、開始引物設(shè)計(jì)，這就需要知道基因序列。一般用NCBI查找，比如要設(shè)計(jì)rat的CK18 mRNA檢測(cè)引物。首先選擇Nucleotide，然后在搜索欄輸入rat CK18，結(jié)果如下。

2、我們要找mRNA，所以選第一個(gè)，點(diǎn)進(jìn)去后拉到最后的ORIGIN就能找到基因序列，把這段序列復(fù)制到軟件中進(jìn)行引物設(shè)計(jì)。

3、點(diǎn)這個(gè)搜索，出現(xiàn)下面對(duì)話框，這里可以選擇引物在序列哪些地方設(shè)計(jì)引物，一般不用更改，也就是引物可以設(shè)計(jì)在整個(gè)序列，當(dāng)然也可以事先查一下序列有幾個(gè)區(qū)，一般引物會(huì)跨兩個(gè)區(qū)。

4、設(shè)置退火溫度、引物長(zhǎng)度、產(chǎn)物長(zhǎng)度等，點(diǎn)旁邊的“Primer Parameters”。主要更改的也就是產(chǎn)物長(zhǎng)度，100到300bp為宜，產(chǎn)物太大，會(huì)影響擴(kuò)增效率。